从互助县境内发现地大量历史文物及考古资料证明，早在5000年前，互助地区就已经有先民在这块土地上劳动、生息，与大自然进行着艰苦地斗争，创造了自己地古老文明。

公元前221年秦始皇统一六国，建立了统一的中央集权封建王朝。这个时期，现今的西宁、乐都、大通、湟中、门源、互助等地区，统称为湟中地。

汉武帝元狩二年（前121），汉骠骑将军霍去病击败匈奴，打通西域通道，进入湟水流域。在今西宁附近筑西平亭（原址相当于今西宁城垣），设置临羌县（先湟源，后在湟中）。互助地区隶属于临羌县。

公元210元左右，东汉设置西平郡（今西宁市）。三国时期，魏国继续以西平郡管辖临羌等县。

西晋时仍以西平郡管辖临羌等县。南北朝时改西平郡为鄯州，废弃临羌等县。

隋时又恢复西平郡，互助地区属西平郡管辖。

唐太宗贞观二十三年（649），唐设置鄯州都督府。互助地区由鄯州督都府管辖。

安徽宗崇宁三年（1104）， 改鄯州为西宁州。互助地区归属西宁州。

元时，互助地区仍属西宁州管辖。

明时，改西宁州为西宁卫。互助地区隶属西宁卫。

清时，西宁卫改为西宁府。

民国二年（1913年），互助地区属甘肃行省西宁道。

民国十八年（1929年）1月1日，青海正式建省，互助地区隶属西宁县。

民国十九年（1930年）9月29日，互助正式建县，县治威远堡。隶属青海省政府。

1949年9月12日，互助县解放，隶属青海省人民政府。

1960年4月5日至1961年8月，互助县隶属西宁市。

1961年8月15日至1978年9月，为青海省直属县。

1978年10月19日，青海省成立海东行署，互助县隶属海东行署至今。[4] 

2000年，互助土族自治县辖1个镇、16个乡、4个民族乡。

2001年3月19日，青海省人民政府撤销高寨回族乡、加定藏族乡、南门峡乡和丹麻乡，分别设立高寨镇、加定镇、南门峡镇和丹麻镇。

2001年底，互助土族自治县辖5个镇、14个乡、2个民族乡，2个社区、295个村（牧）委会。

2006年，互助土族自治县行政区划调整为撤消沙塘川乡和双树乡，设立塘川镇；撤消边滩乡，并入林川乡。

2006年8月，互助县撤销边滩乡，并入林川乡；撤销五十乡，设立五十镇；撤销五峰乡，设立五峰镇；撤销双树乡、沙塘川乡，合并设立塘川镇（镇政府驻原沙塘川乡驻地）。